早期历史
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参见：幕末、长州征讨和戊辰战争
幕末时日本诸藩当中，以萨摩藩和长州藩最具政治上的影响力高喊高举“攘夷”大旗，两藩对于“开国”的幕府不满，与朝廷联手逼迫幕府转向“攘夷”，继而不惜主动挑起与西洋诸国的事端。萨摩与幕府对长州作战，种下传统武士的不满加深日后武力讨伐幕府的种子。1866年1月21日，在坂本龙马的中介下，萨摩藩与长州藩缔结同盟，决定在倒幕上合作。1867年11月9日，幕府将军德川庆喜眼见萨长同盟的威胁，决定先行上奏明治天皇，提出大政奉还，翌日获得敕许，将260年来由德川幕府掌握的政权交还天皇，并创设以德川家为中心的新政府，德川家将作为政治中枢继续掌握实权。公家的岩仓具视和萨摩藩的大久保利通等讨幕派见此，策划政变以阻止亲德川派建立以德川家为中心的新政府。在1868年1月3日明治天皇召开的最后一次朝议后，萨摩等五个藩的军队封锁了京都御所的九门，禁止亲德川派的摄政二条齐敬和贺阳宫朝彦亲王进宫。随后，明治天皇在京都御所内学问所发布了“王政复古大号令”，并在当天进行的小御所会议上，决定了要幕府将军德川庆喜向天皇交还内大臣官职和领地。[9]此事刺激了德川庆喜，更激化了德川庆喜与讨幕派的对立。
1868年1月中，亲德川派的会津藩、桑名藩以谒见天皇为名，从大坂向京都进军。同时，以萨摩和长州两藩军队为主力的讨幕军亦在京都重兵集结，双方在京都南郊的鸟羽、伏见爆发武装冲突，即鸟羽伏见之战，内战戊辰战争爆发。讨幕派的萨长军获得鸟羽伏见之战的胜利。德川庆喜战后于庆应4年1月6日放弃大阪城，并由海路逃往江户。1月31日，天皇发布讨伐德川庆喜的命令，并在2月3日剥夺了德川的官职。以萨摩、长州等藩兵为主力的讨幕军，相继从京都出发。3月12至13日，讨幕军队到达江户城外。经过一连场谈判后，讨幕军统帅西乡隆盛成功劝服德川庆喜投降，于4月21日和平接收江户。事后德川庆喜遭到软禁，江户时代结束。
君主宪政
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主条目：明治维新
早期的日本议会
明治天皇于1868年4月6日发表《五条御誓文》，开启了明治维新的历史序幕。自1868年开始日本进行了多项改革[10]。在德川庆喜被迫使交还权力后，讨幕军征讨由仙台藩的伊达氏作为盟主的奥羽越列藩同盟等残余幕府势力。幕府军在接连败仗后，在1869年1月北上占领五棱郭，将领榎本武扬宣布成立虾夷共和国，并和讨幕军之间爆发箱馆战争[11]。1869年6月27日，榎本武扬宣布投降，随着幕府势力的抵抗消失，日本全境统一。
幕府军投降之后，新政府废藩置县及废除大名，并宣布在北海道全境设11国86郡。1868年，明治新政府宣布设立后箱馆裁判所（日语：箱館裁判所），便将北海道纳入新政府统治之内[12]。1869年天皇和新政府迁都，从京都移驻江户，并把江户改称为东京。同年，新政府创建了开拓使，北海道开始进入大规模开发时代。除了政府动员的移民之外，亦有自发性的大规模移民，其代表例为带广的晩成社[13]。为了加强国防，还设置了屯田兵制度[14]。1882年，开拓使被废止，政府改设函馆县、札幌县、根室县三个县来管理北海道（三县一局时代）[15]:28-30。1886年，政府决定废除三县，改设北海道厅（日语：北海道庁 (1886-1947)）[15]:31-33。
日本后来有出兵台湾之议[16][17]。1871年10月，一艘琉球国船只于台风后漂流至台湾东南部[18]，其中54名登岛乘客被原住民出草杀害，史称八瑶湾事件[19]。由于当时琉球国同时向日本和清朝朝贡，而清廷表示将事件交由日本处理[注 2]，日本因而在1874年5月攻打台湾南部排湾族部落，是为“牡丹社事件”[20]。在驻华英国公使调停下，日清两国签订《北京专约》。1871年12月23日，岩仓使节团出使外国。1873年，日本政府取消了自丰臣秀吉起，基督教传教士在日本国内传教的禁令。
明治初期，政府内长州与萨摩两派摩擦越来越烈，不久政治家板垣退助提出的征韩论引致明治政府的内部冲突，于1873年10月爆发明治六年政变，事件中大久保利通等人成功说服明治天皇搁置征韩。事后征韩论领导者板垣退助宣布下野，连同六百多名军人及官员离开政府。直至1874年，已经下野的板垣退助、后藤象二郎等人撰写民撰议院设立建白书，向明治政府表达开设民选议会的期望，是一份肇始日本自由民权运动的文书。由于大量士族在明治维新的过程中失业，旧藩士在新政下生活困苦，西乡隆盛引发1877年的内战西南战争。[21][22]
1875年，与俄国签订《桦太千岛交换条约》，日本获得堪察加半岛以南的整个千岛群岛的主权、鄂霍次克海的捕鱼权和其周边俄国港口十年的免费使用权，条件为让出整个桦太的主权予俄国。板垣退助虽然于明治六年政变失败，但是征韩论始终未有失势。1875年9月，发生了江华岛事件，最终使日朝双方签订江华条约，日本最终透过条约打开朝鲜国门，取得了自由勘测朝鲜海口、领事裁判权、贸易等权利，并承认朝鲜为独立国。1877年，西乡隆盛以“清君侧”为名，发起西南战争讨伐明治政府，最终萨摩兵败。
曾两度出任大日本帝国内阁总理大臣的山县有朋，被普遍认为是日本军国主义之父。在山县任内颁布的《教育敕语》，其宗旨成为该时期日本教育的主轴
1878年，实行地方三新法。引发各地不安，1878年5月14日，明治维新元勋大久保利通在东京的纪尾井町清水谷遭到暗杀。1878年8月23日，发生竹桥事件，驻扎在竹桥附近的帝国陆军近卫军发起武装叛乱。1879年，日本政府将《北京专约》中的“琉球人”诠释为“日本国属民”，染指中国自明清两朝以来的朝贡国琉球国，借此机会在1879年8月31日吞并了琉球，琉球王国灭亡[23]，并改设为冲绳县。1880年，国会期成同盟结成，是自爱国社等组织改称发展而成的组织。借着这个组织，国会开设运动得以发展成全国性的运动。1881年，发生自由民权运动，自1874年民撰议院设立建白书递交以来，该运动的分子就向明治政府表达一系列开设议会、保障自由等期望。1880年，元老院按明治天皇的要求制定了《日本国国宪按》，并将此作为草案提交。此外，时任大藏卿的大隈重信与自由民权运动组织互相呼应，也提出了自己的《宪法意见》，这使得他与伊藤博文不和。而《日本国国宪按》规定了天皇需遵守宪法，并给予议会很大权力，亦遭到了伊藤博文、岩仓具视等人的反对，与大隈的意见一样，未能获得最终通过。在明治十四年政变中，岩仓具视最终以财政政策失政为由褫夺大隈重信参议一职。大隈被罢免后，天皇随即颁布开设国会的敕谕。大隈垮台后，松方正义接任大藏大臣和内务大臣，上任后推行松方通货紧缩，削减政府开支，改革地税改革、设置有权发行可兑换钞票的央行日本银行和兑换制度。三年后，通货膨胀得到控制，政府的财政状况有所好转。
建于1883年的东京鹿鸣馆，是明治维新时期日本脱离亚洲、全面西化的象征。俄国在十七世纪末进行的西化改革，成为日本西化的参照
1882年8月，山县有朋在一份意见书中认为，目前不存在欧洲各国入侵日本的可能性。就在这一时期，沙俄将其对外政策的重心从西方移到远东，准备修建一条横贯西伯利亚的铁路，企图控制太平洋上的一切国际商业活动，这引起了日本的警觉。1882年，朝鲜发生壬午事变，兴宣大院君兵变成功掌握政权后不久，即被清朝朝鲜事务大臣吴长庆、帮办大臣袁世凯平定，清方将兴宣大院君监禁于直隶保定。事件中，当地日本公使馆被焚，多名日本侨民遇害，日本公使花房义质亦经济物浦乘船返回日本求援。同年8月12日，花房义质带着日军一千五百人和四艘军舰回到汉城，要求朝鲜政府赔偿损失，以及同意日军驻扎朝鲜。8月30日，日朝双方就上述内容签订了《济物浦条约》，日本获得了在朝鲜的驻兵权。1884年12月4日，朝鲜发生甲申政变，开化党人挟持朝鲜高宗李㷩，矫诏称清军作乱，请求日方派兵支援，日军借此占领朝鲜王宫。至12月6日清军入宫，击败开化党人和日军。政变失败后，日方于1885年派井上馨与载着军队的兵舰六艘登陆朝鲜济物浦，要求朝鲜赔偿损失，朝鲜在日本威脋下签署了《汉城条约》，同意日本在汉城增置戍兵。1885年4月，日本与清方签订《朝鲜撤兵条约》，双方皆从朝鲜半岛撤军。日本虽然撤走了驻朝军队，但保留随时派兵到朝鲜半岛的权利，为以后的中日甲午战争埋下伏笔。
1885年12月22日，伊藤博文基于内阁职权组成第一任内阁，并担任首任内阁总理大臣。1889年，《大日本帝国宪法》发布。同年12月，山县有朋组阁，山县出任内阁总理大臣不久，向内阁提出了《外交政略论》和在1888年写成的《军事意见书》。《外交政略论》以明治政权海外扩张的基本国策为基础，将当时视清帝国为其宗主国的朝鲜、以及满洲划入其利益线之内。为了防止俄国染指这些地区，山县有朋大肆扩充日本海陆军；还出台了《出师储备物资管理委员会条例》、《战时大本营条例》和《海军军令部条例》。1890年7月1日，日本举行第1届日本众议院议员总选举。同年10月30日颁布《教育敕语》，其宗旨成为战前日本教育的主轴，该文件由山县有朋内阁的内阁法制局长官井上毅等人负责起草。1890年11月29日召集第1回帝国议会。1891年，军事工程师下濑雅允研制出下濑火药，后来被使用在中日甲午战争及日俄战争中。
甲午战争
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主条目：日清战争
1894年1月11日至1895年3月29日，朝鲜发生东学党起义，成为中日甲午战争的导火线。东学党起义中，日清按1885年《朝鲜撤兵条约》同时出兵朝鲜半岛，起义平息后日本要求继续驻兵被拒，其后扣留朝鲜高宗李㷩，任命大院君李昰应主理朝鲜国事。1894年7月16日，日本与英国签署《日英通商航海条约》，条约由日方代表青木周藏与英方代表约翰·伍德霍斯在伦敦签署。促成条约签订的官员，包括日方的陆奥宗光，英方的休·弗雷泽 、约翰·哈林顿·歌宾斯。条约规定由1899年7月17日开始，在日本的英国国民会受到日本法律的限制，而非英国法律与领事法庭。以往根据德川幕府与外国人的相关协定，在条约港居住的外国人，由该人的所属国家制定的法例管制。该条约的签订促成了1902年缔结的日英同盟。1893年，化学家长井长义自麻黄碱合成出甲基苯丙胺，甲基苯丙胺后来被广泛作军事用途。
1894年8月1日，中日甲午战争爆发[24]。1895年2月，清军战败后，派李鸿章代表清廷在日本签订了《马关条约》，日本在此条约中获得了台湾和澎湖群岛的主权以及二亿两白银的巨额赔款[25]。台湾住民因不满《马关条约》的签订，于1895年5月29日爆发乙未战争。至1895年11月18日起，经过理蕃政策的执行，台湾原住民各政权亦纷纷因武力的征伐而纳入日本殖民地。
1900年6月中国爆发义和团事件，日本派出陆军第5师团参与了八国联军之役。1900年，俄国趁八国联军之役，出兵占据中国东北地区，在清廷与各国议和后，俄国仍然不撤兵。1901年，高峰让吉首次分离出肾上腺素。1901年4月29日，皇太孙迪宫裕仁亲王（昭和天皇）出生。1902年1月30日，日英双方结成同盟，日英两国希望藉盟约钳制俄国和德国在远东的发展。
日俄战争
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主条目：日俄战争
日俄战争中的众日本陆军步枪兵
1904年日俄战争爆发，日本取得决定性胜利，但由于战争导致财政恶化，而俄国亦爆发血腥星期日革命事件，两国要继续战争都很困难。1905年1月日露战争期间，夏目漱石的长篇小说《吾辈乃猫也》开始在《子规》杂志上连载，成为日本文学史上的一部名著。1905年9月5日，日俄两国在美国总统西奥多·罗斯福的中介下签署《朴次茅斯和约》，结束了战争。日本战后取得桦太北纬50度以南的部分[26]，这样的战争赔偿与日本国民的期望有落差，最终引发1905年9月5日的日比谷纵火事件。日本在《朴次茅斯和约》中取得俄国东清铁路长春至旅顺段的控制权，及后改称该铁路为南满铁路。1906年，南满州铁道设立，旨在垄断满州地区的铁道运输。
吞并朝鲜
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主条目：日韩合并
1907年3月，在上野公园举行的东京劝业博览会
1907年，大韩帝国高宗派遣至海牙的密使任务失败，事后日本藉事件逼使韩国高宗让位。1908年，日本无政府主义者引发赤旗事件，与警察发生冲突，最终演变成械斗事件。
日本在甲午战争之后，将原本朝鲜王国的宗主国大清帝国逼退，朝鲜王国也改为大韩帝国，而后成为日本的保护国；日本政治界对韩国问题颇多关注，认为应该要立即性的合并，唯有元老伊藤博文因为国际观感因素，强力反对。1909年10月26日伊藤博文被韩国刺客安重根暗杀之后，主张“立刻合并派”成为日本主流。虽然韩国出现如李容九、宋秉畯等人为首的“一进会”主张日韩“平等合并”，共同创造新的联邦政府，但已经无力回天，日本宣布吞并朝鲜。日韩合并的结果导致大韩帝国（朝鲜王国）的灭亡，朝鲜半岛成为日本领土的一部分，朝鲜总督府成为日本在朝鲜的最高统治机关。1910年8月22日大日本帝国基于《日韩合并条约》，将朝鲜并入版图；此举象征朝鲜历史上长久做为独立国家地位的中断，以及朝鲜日据时期的开始。[27]
1910年，化学家铃木梅太郎从米糠中提取出了抗脚气病酸，将它命名为硫胺（维生素B1）。1912年7月30日，明治天皇驾崩，其子嘉仁继位，改元大正，是为大正时代。同年末，因为陆军倒阁而引起第一次护宪运动（日语：大正デモクラシー），事情导致1913年第三次桂内阁倒阁事件，日本开始出现政党政治。1914年1月的西门子事件，最终导致执政14个月的第1次山本内阁总辞。
一战景气
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主条目：青岛战役
青岛战役中登陆青岛的日本水兵
1914年7月28日，第一次世界大战爆发。日本作为协约国成员，于1914年8月23日向德意志帝国宣战，出兵胶州湾租借地，发动了青岛战役。1914年11月7日本占领胶州湾，并透过《二十一条》对其实施军事统治。直到1922年2月4日，在华盛顿会议上，中日两国签订《解决山东悬案条约》。同年12月10日，中华民国正式收复胶州湾。
因为在第一次世界大战中欧洲战场军需激增，日本的经济从中获益很多。重工业在日本经济中的位置也因此大幅提升，当时日本开始出现自江户时代起的首次贸易顺差。
早年，高峰让吉就提出日本应该建立“国民科学研究所”的构想，这一构想后来得到了资本家涩泽荣一的响应，于1917年由日本政府补助经费，加上民间的捐款，成立了理化学研究所，其原子物理研究促进了日本后来在二战时期的核武器研制。同年，俄共推翻了克伦斯基的临时政府，夺取了彼得格勒的政权。
干涉苏俄
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主条目：西伯利亚干涉
西伯利亚干涉中的同盟国众军官
1918年3月苏维埃俄国与德国单独议和，签订了《布列斯特-立陶夫斯克条约》，苏俄退出第一次世界大战。为此，协约国决定武装干涉苏俄革命，俄国白军得到日本等协约国成员支援推翻布尔什维克政权。1918年，第一次世界大战的协约国派遣军队在西伯利亚东面海岸登陆，直接武装支援俄国白军推翻在西伯利亚的布尔什维克政权。事件最后失败告终，苏联共产政府确立。1920年协约国撤出俄国，日本军队鉴于1920年2月至3月发生庙街事件后与莫斯科布尔什维克政府交涉不果，一直驻守西伯利亚至1922年，并占领库页岛北部，直至1925年与苏联建交后才撤出该地。
一战协约国胜利后，根据在1919年6月28日签署的《凡尔赛条约》，将德国在山东半岛的权益转交日本，太平洋赤道以北的国际联盟托管地亦委任日本统治。1922年，日本在其委任统治的南洋群岛上设置的南洋厅，行政首府位于帕劳群岛的科罗尔岛。数学家高木贞治在一战期间完成了类域论中的高木存在性定理的证明，并于1920年提交到国际数学家大会，导致1920年代类域论古典理论的发展。战后日本政局出现不稳，权贵与政党不断抗争，发生第二次护宪运动。
1922年2月6日，华盛顿会议举行，达成《四国公约》《限制海军军备条约》，及《九国公约》
大正民主
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主条目：大正民主
1925年实行全民普选，由唯一的元老西园寺公望推荐总理大臣，日本进入大正民主时期。日本为1920年建立之国际联盟的创始会员国及常任理事国。
1921年，大正天皇因病而由太子裕仁摄政。1923年9月，日本关东大地震[28]，死亡人数达十三万人。1926年12月25日，大正天皇驾崩，皇太子裕仁继位，是为昭和时代。翌年，台湾总督府宣布，开始台湾日治时期极重要的水利工程——嘉南大圳[29]，并于1930年竣工[30]。1927年4月，由于日本政府救济台湾银行失败，陷全国金融于险地，史称“昭和金融恐慌”[31]。1928年，八木秀次和宇田新太郎两人发明了引向天线，后来被应用在无线电测向和长距离无线电通信。1930年，世界经济陷入严重衰退，日本未能幸免。在此期间，滨口、犬养和冈田内阁为挽救经济，主张削减军费，使军部和右翼组织不满，三人亦先后被暗杀[32]。1931年，日本发动九一八事变。1932年，日本发动一·二八事变。在1933年3月27日，日本因扶植傀儡国家满洲国而引发国际危机，于1935年3月27日退出国际联盟。1935年，汤川秀树以核作用力的理论基础预言介子的存在。
军国体制
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主条目：军国主义
政党政治日渐衰落（例如田中义一主张惩罚杀害张作霖的凶手而被迫下台），内阁总理大臣甚至会被军人政变刺杀（如五一五事件与二二六事件）或任意废立（总理大臣意见或政策若与军部不同调，便会遭到军方倒阁撤废，换上亲军部的人马），二二六事件之后，统制派首脑东条英机等军人集团渐渐掌握内阁与议会的控制权。1936年2月26日，发生了二二六事件[33]，随后冈田启介内阁倒台，广田弘毅组阁，建立以天皇及军部为本的法西斯体制[34]。广田弘毅迫于军方压力在上台后恢复了军部大臣现役武官制，此后军部的势力开始扩张。
入侵中国
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主条目：中国抗日战争
1937年8月13日，日军攻陷北平市
统制派军人东条英机掌权后，立刻策动了对外用兵，基于他是陆军身份调动了东北亚的部队，对中国开展大规模侵略。此时日本尚处于地区战争阶段，1937年，武见太郎建造了世界第一台便携式心电图仪，并在1939年发明了心向量图机。1937年7月7日，日军策动卢沟桥事变，全面入侵中国，引发中日战争。
因为日本在对中国的战争中持续消耗物资，加上美英荷三国对日实施经济制裁，为了打破僵局，军部内分做两种派系：一派主张趁苏德战争苏军主力在欧洲，往满洲国北部的西伯利亚扩张，另一派则主张南下东南亚。在1941年4月13日日本与苏联签订苏日中立条约，日本签此条约之目的是确保满洲国北部边界不会爆发战争，影响到南进政策的实行。而在1941年6月22日，德国开始巴巴罗萨行动进攻苏联，希特勒随即邀请日本加入。北进派乘机要求应德国要求出兵西伯利亚背刺苏联，日本大本营亦一度动摇，命关东军在满洲国布兵演习准备入侵，史称关特演。但随著德军进攻受阻，加上日本急需资源，大本营便考虑与英美荷开战的可能性，最终决定向东南亚进发前往掠夺急需的石油资源[35]。
中日战争时日军占领华东平原，包括首都南京，杀害中国军民，史称南京大屠杀[36]，估计被杀人数约三十万人[37][注 3]，蒋中正率领的国民革命军祇能退守中国西南一带[38]。但其后战情僵持不下，令日军陷入消耗战；旷日持久，消耗日军大量人力、物力和财力。[39]
兵下南洋
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主条目：太平洋战争和三国同盟条约
日军进犯马来亚吉隆坡
《德意日三国同盟条约》在1940年9月27日由日本与德国及意大利在柏林签署。此项协定正式确立了柏林-罗马-东京轴心国同盟关系，并被认为是对美国的警告：要么保持中立，要么腹背受敌。条约中，三国同意在未来10年他们会“支持及与对方互相合作……以期实现她们建立与维持新秩序的目标，以期提倡互惠互利与有关人民之福祉” 。三国确认对方的势力范围，并承诺“以政经与军事之力，协助任何仍未参与战争而被攻击的一方”。而条款中的攻击者不包括苏联。条约补充1936年的德日协定和反共产国际协定之不足，并消除德国与日本因1939年苏德互不侵犯条约而起的嫌隙。后来，匈牙利王国（1940年11月20日）、罗马尼亚王国、斯洛伐克共和国（1940年11月23日）加入签署三国同盟正式加入轴心国。保加利亚王国在1941年3月1日加入。
日本1940年9月派军进驻维希法国所控制的越南北部，切断了中国赖以取得同盟国军火的中越铁路。1941年4月，日本派遣外交官前往华盛顿特区谈判，但谈判破裂告终。日本遂于7月2日决定增派部队至越南。而美国则于7月25日冻结日本在美资产，并8月1日对“所有侵略国”实施石油禁运与经济制裁，英国与荷兰亦同时实施对日经济制裁。对于石油、钢铁、工具母机有70%从美国进口的日本来说，这政策极为致命，除非日本将军队撤出中南半岛，否则日本国内储存的石油资源将会耗尽。日本不接受此条件，并称这三国和中国为ABCD包围网。
1938年，海军第一舰队扶桑、榛名、山城三艘战舰
战争的第一枪在马来亚打响。日本时间1941年12月8日凌晨00:30，日军发动马来亚战役，首先在马来半岛北端吉兰丹哥打峇鲁海岸开始炮轰岸面登陆作战，当时距离珍珠港事件发生前还有约48分钟。这场战役中，日军以难以置信的速度攻破英军防线，使得英军只能一退再退最终撤退到新加坡，最后以日军的胜利告终。日军以少许代价占领了整个马来半岛以及新加坡，远比大本营预计占领时间还要短上许多，因此该战役被称为马来亚闪击战。马来亚战役爆发后不足一小时，日军于东岸时间1941年12月7日，偷袭夏威夷的美军基地珍珠港，并正式向美国、英国和荷兰宣战。珍珠港事件后日本迅速进攻太平洋区内美国、英国、荷兰的殖民地，包括马来亚、荷属东印度、菲律宾、新几内亚、香港、所罗门群岛等地，占领及扶植多个傀儡政权，大批同盟国士官被日军俘虏。泰国在日本军事压力之下，发出通谍：要么军事同盟让日军通过泰国、要么被入侵，加上泰政府独裁，选择了和日本同盟，但仍拒绝签署三国同盟条约，最终加入了轴心国阵营。泰国军队参与了缅甸战役及马来亚战役并获得了大片土地。
这段时间里，日本势力向西达至英属印度、以东至新几内亚群岛，形成“绝对国防圈”，能掩护日本的海上战略资源运输。除了对东南亚英美荷殖民地的攻占外，日本接连占领太平洋的各个岛屿，由于美国太平洋舰队在珍珠港中被摧毁，无法援助其战区，且日军大规模进攻，岛屿纷纷被日军所占领。日军在各岛上修筑各个不同的防御工事和机场，使得日本的“绝对国防圈”范围不断扩增，但兵力大量分散。此外日军还有试过对澳洲的达尔文展开空袭，并在澳洲的东部海域攻击沿岸与来往的商船，但在空袭与攻击沿岸后未即时登陆，且在不久后盟军开始反攻，失去进攻澳洲的机会。在海上，日本海军局部巡弋陆续消灭盟国海军，其中最大的战果是在印度洋空袭中将英国皇家海军彻底逐出太平洋。日本海军攻击美国西海岸。
战局转折
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主条目：中途岛海战
于中途岛战役，日本海军损失多艘主力船舰
1942年5月4日，珊瑚海海战爆发，是太平洋战争中的一场重要战役。这是历史上第一次使用航空母舰的海战，为一个月后的中途岛海战拉开了序幕。日本在1942年4月18日的杜立特空袭后，为了防范美军持续由侧翼直接攻击日本本土，日本海军大将山本五十六便积极策划对中途岛的攻占作战计划，原本预计所有参与偷袭珍珠港的南云舰队的六艘航空母舰要全部参战，为日军攻击中途岛时提供空中支援以及随时歼灭出现的美军机动部队，但由于日军在新几内亚地区发动FS作战而引发珊瑚海海战，让六艘航空母舰中的两艘“翔鹤”与“瑞鹤”航空母舰无法参战，使南云舰队减损33%的空中兵力，但日军仍按照既定计划，于1942年5月28日发动中途岛作战计划。
由于日方的密码被美军破译成功，美军在日军进攻中途岛前就已作好准备，除了强化中途岛本身的防御力量外，尼米兹也要求刚由珊瑚海海战回到珍珠港的“企业号”以及“大黄蜂号”航空母舰由斯普鲁恩斯少将领军，驶往中途岛东北海域埋伏，同时也令在珊瑚海海战中受重伤，当时在珍珠港大修中的“约克镇号”航空母舰执行紧急修理，于3日后组成另一支特混编队，由法兰克·杰克·弗莱彻少将领军，驶向中途岛东北海域与斯普鲁恩斯的舰队会合。
1942年6月4日晨南云部队开始空袭中途岛，然而因为南云舰队发生一连串的战术判断失误（其中包含侦察机未搜寻到美舰队，中途岛攻击部队返航以及中途岛陆基航空部队攻击等），让埋伏在东北海域的美军特混编队有机可趁，首先对日舰队发动攻击，让南云舰队中的“赤城”、“加贺”和“苍龙”号航空母舰被美军俯冲轰炸机的炸弹击中起火，并于当晚陆续沉没。而“飞龙”号的航空机队随后对美军舰队发动反击，也让美军的“约克镇号”航空母舰受到重创，后来日军伊-168号潜舰发现了约克镇号，随即发射鱼雷击沉约克镇号。而发动攻击的“飞龙”号航空母舰也被美军攻击后沉入大海。
在南云舰队损失4艘航空母舰后，由于空中攻击力量完全丧失，山本大将不得不向全军宣布撤消战役计划并开始撤退，此战役以美军胜利而告终，也因为日军损失过于巨大（四艘航空母舰、200架以上的舰载机以及训练有素的飞行员），让日军在短期内无法再发动大型的战役，美军得以获得宝贵的喘息时间，故中途岛战役在太平洋战争中具有极重要的地位，也是整个太平洋战争的转捩点。[40]
1938年以来，日军以“扫荡”、“三光作战”，试图稳定中国的日占区，但仍无法扭转整体局势。
最终降服
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主条目：日本投降
战争后期，美国海军陆战队接连攻下硫磺岛和冲绳岛，美军B-29轰炸机随即密集轰炸日本本土，许多城市遇袭，市民伤亡惨重、工业设施尽毁，并重创日本的飞机工厂和机场[41]。1945年8月6日和9日，美军依次在广岛市和长崎市投下两枚原子弹，即广岛与长崎原子弹爆炸；同时苏联亦于8月8日对日本宣战，占领满洲及朝鲜半岛北部。8月15日，裕仁天皇以电台广播宣布向同盟国投降，时任日本内阁总理大臣铃木贯太郎也在同日下午宣布内阁总辞。9月2日，日本政府签署《降伏文书》，接受波茨坦宣言，正式投降，并将领土范围限于本州、北海道、九州、四国以及其他指定岛屿[42]。第二次世界大战正式结束[43]，大日本帝国实质性灭亡，但日本政府直到1947年《和平宪法》颁布后才放弃大日本帝国的称号，改称日本国。日本于明治维新后所占领，位于东亚和东南亚地区的领土，在战后则被中华民国和东南亚各国分别收回，琉球群岛和硫磺岛亦由美国军事占领，其后，美国陆续将这些地区归还日本，但美国并未归还原属日本的北马里亚纳群岛，而北方四岛则被苏联和继承国俄罗斯联邦占领至今。
在战争结束后，同盟国也对大日本帝国的战争罪行开展了清算，包括在战争期间担任首相的广田弘毅、平沼骐一郎、东条英机、小矶国昭等均被逮捕，前首相近卫文麿也因被列在战犯名单上而选择自杀以逃避审判。经过远东国际军事法庭的审理后，东条英机、松井石根、板垣征四郎、土肥原贤二、广田弘毅、木村兵太郎、武藤章等七名战犯被判处绞刑，并在1948年12月23日执行。其余战犯均被判处相应徒刑。